Αν και απλή παλινδρόμηση είναι δυσάρεστη, δεν δημιουργούν συνήθως κινδύνους για τα υγιή άτομα. Από μισό έως τρία τέταρτα των ατόμων με γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση έχουν ήπια συμπτώματα που γενικά ξεκαθαρίσει ως απάντηση σε απλά μέτρα. Την πάροδο του χρόνου, όμως, σοβαρά προβλήματα μπορεί να αναπτυχθεί όταν συχνές υποτροπές συνδέονται wih επίμονη GERD πάει χωρίς θεραπεία. Αυτές οι επιπλοκές μπορεί να περιλαμβάνουν στένωση (στένωση) του οισοφάγου, της διάβρωσης της επένδυσης του, προκαρκινικές αλλαγές στα κύτταρά του, και του οισοφάγου έλκη.
Μία επιπλοκή, που είναι γνωστή ως οισοφαγίτιδα από παλινδρόμηση, είναι η φλεγμονή που εμφανίζεται όταν οξέος και πεψίνης, που απελευθερώνεται από το στομάχι, να διαβρώσει περιοχές του βλεννογόνου, το επιφανειακό στρώμα των κυττάρων που ευθυγραμμίζουν τον οισοφάγο. Εκτός από την αίσθηση καψίματος των απλών καούρα, οι ασθενείς με οισοφαγίτιδα μπορεί επίσης να παραπονούνται για πόνο πίσω από την εξάπλωση στην πλάτη ή μέχρι το λαιμό, το σαγόνι, ή ακόμα και τα αυτιά από το στέρνο. Ο πόνος μπορεί να είναι τόσο έντονη που μπορεί να έχετε πρόβλημα στην κατάποση και μπορεί ακόμη και να νομίζετε ότι έχουν μια καρδιακή προσβολή.
Με οισοφαγίτιδα, τα τρόφιμα μπορεί να αισθάνονται σαν να κολλάει στο λαιμό σας πριν πάτε κάτω από το οισοφάγο. Ζεστά ροφήματα είναι δυσάρεστο να καταπιεί, και μπορεί να έχετε κάποια ναυτία. Μπορείτε επίσης να αναμασούν κάποιο υγρό οξύ στο λαιμό σας, με αποτέλεσμα βήχα. Η φλεγμονή του οισοφάγου μπορεί ακόμη και να οδηγήσει σε αιμορραγία. Ενδοσκόπηση είναι απαραίτητη για να επιβεβαιωθεί η διάγνωση της οισοφαγίτιδας και να εντοπίσετε τυχόν ελκών ή στενώματα. Αιμορραγικά έλκη σε φλεγμονή του οισοφάγου μπορεί να απαιτούν επιθετική θεραπεία, όπως είναι η μετάγγιση αίματος, και να σταματήσει η αιμορραγία, ένας καθετήρας περνά μέσω ενός σωλήνα ενδοσκόπησης για την εφαρμογή ηλεκτρικής ενέργειας ή θερμότητας, ή να κάνετε την ένεση παράγοντες σκάφος ασφυκτικά αίματος στο σημείο της αιμορραγίας. Στενώματα μπορεί να χρειαστεί να διασταλεί μέσω ενδοσκόπηση, χρησιμοποιώντας ένα μπαλόνι ή άλλο ειδικό διαστολέα. Περίπου το ένα τρίτο των ασθενών που χρειάζονται αυτή τη διαδικασία απαιτεί μια σειρά από θεραπείες για να ανοίξει πλήρως τη δίοδο.
Μια άλλη επιπλοκή της χρόνιας φλεγμονής του οισοφάγου είναι ο οισοφάγος Barrett, μια ανωμαλία κατά την οποία ψηλότερο κύτταρα που μοιάζουν με αυτές που ευθυγραμμίζουν το λεπτό έντερο αντικαταστήσει τα πλακώδη ή επίπεδη κύτταρα που φυσιολογικά βρίσκονται στο κατώτερο τμήμα του οισοφάγου. Η ασθένεια, μια πιθανή συνέπεια της μακροχρόνιας GERD, προκαλείται από μακροχρόνια και σοβαρή έκθεση σε οξύ από το στομάχι και της χολής από το λεπτό έντερο. Ο οισοφάγος Barrett μπορεί, με την πάροδο του χρόνου, να εξελιχθούν σε καρκίνο, έτσι ώστε οι ασθενείς καλούνται να έχουν τακτικές αξιολογήσεις ενδοσκοπική (συμπεριλαμβανομένων βιοψίες) για τον εντοπισμό πολύ νωρίς κακοήθεις αλλαγές. Άτομα που κινδυνεύουν περισσότερο είναι όσοι εμφάνισαν ΓΟΠΝ σε νεαρή ηλικία και είχε για πολλά χρόνια.
Μια μελέτη ανέφερε υψηλότερο κίνδυνο για καρκίνο του οισοφάγου σε ασθενείς με γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση, είτε έχουν είτε δεν έχουν οισοφάγο Barrett. Ευτυχώς, μόνο ένα πολύ μικρό ποσοστό των ασθενών με ΓΟΠΝ θα αναπτύξει καρκίνο του οισοφάγου. Ορισμένοι ειδικοί πιστεύουν ότι είναι η παλινδρόμηση της χολής, πέραν οξύ, το οποίο αυξάνει τον κίνδυνο για καρκίνο του οισοφάγου.
ΓΟΠΝ μπορεί επίσης να οδηγήσει σε οδοντικά προβλήματα, συμπεριλαμβανομένης της απώλειας του σμάλτου των δοντιών. Και μπορεί να προκαλέσει σπασμούς των φωνητικών χορδών (λάρυγγα), εμποδίζοντας τη ροή του αέρα στους πνεύμονες. Μια μελέτη ανέφερε ότι τέτοιες σπασμοί μπορεί να προκαλέσει άπνοια ύπνου, μια ασθένεια κατά την οποία αναπνοή σταματά συχνά για σύντομες στιγμές κατά τη διάρκεια του ύπνου.